Для обхода блокировок моего провайдера достаточно запустить goodbeydpi с одной опцией -e 1 и все работает. Соответственно вопрос, можно ли реализовать такую фрагментация пакетов на роутере? Пробовал менять MSS, не помогло.

Если на роутер можно установить openwrt, то вот это

Стоковые прошивки не предоставляют такой функционал, хотя иногда к ним можно прикрутить zapret в ручном режиме (то есть все сами от и до)

Да, но только с доп. ПО. Либо zapret от @bolvan, либо GitHub - NullHypothesis/brdgrd: Protects Tor bridges from being scanned (and as a result blocked) by GFW probes.