Всем привет! Подскажите пожалуйста как сделать свой сервер 6in4 протокол с подсетью /48 для использования на роутере?

Для начала надо получить маршрутизируемый префикс /48 откуда-то. Например, от своего провайдера, но мало кто сейчас дает ipv6, а если и дают, то /64. Редко /56.
VPS провайдеры так же почти не дают машрутизируемых префиксов вообще никаких.
Далее раздать можно как угодно. Не обязательно через 6in4. Можно любой VPN использовать, чтобы было шифрование, автоконфигурация адресов, поддержка NAT и динамических IP клиента.
Но если так надо 6in4, то гуглить как настраивать тоннели в вашей ОС.
По linux тут хорошо описано : Знакомство с виртуальными интерфейсами Linux: туннели / Хабр
6in4 - это sit тоннель
Но это будет дубово. Требование внешнего статического IP клиента и полностью руками все прописывать как на клиенте, так и на сервере для каждого клиента.
Примерно как в tunnelbroker от he.net, только без веб интерфейса и удобств

Значит можно не стараться по этой инструкции делать? IPv6 в каждый дом: Cвой собственный IPv6 сервер брокер (6in4) / Хабр

Там не идет речь о префиксе вообще, а вместо этого используется NAT6.
ipv6 вы получите, но серый как на ipv4. входящих соединений не будет
Да, так можно сделать, но это во многом нивелирует весь кайф от ipv6
6in4, как я уже сказал, использовать для раздачи не лучшая идея, IMHO